Клан Учиха считается одним из сильнейших в Конохе. Линия Крови - Шаринган позволяет копировать движения ниндзюцу, тайцзюцу и гендзюцу. Кроме того, последняя форма - Мангекьо Шаринган открывает доступ к нескольким невероятно мощным техникам. В настоящий момент клан Учиха практически уничтожен.
Позваляет владеть Шарингано


Senju (Тысяча рук) - клан, объединивший вокруг себя другие кланы ниндзя Страны Огня и основавший Коноху. Неясно, сохраняет ли он еще свою клановую структуру в Конохе, т.к. единственная известная наследница двух братьев, основавших Деревню Скрытого Листа - Тсунаде.
Позваляет создавать унекальные древесные техники


Этот клан из Конохи широко известен в аниме благодаря своей уникальной способности видеть пути, по которым протекает чакра противника. Используя особый стиль рукопашного боя, ниндзя из клана Хьюго способен поразить ключевые точки в системе циркуляции чакры врага, лишив его возможности использовать ниндзюцу.
Позваляет владеть Бъякуганом


Этот клан из Деревни Скрытого Тумана известен за свою способность манипулировать льдом.

Жители страны Тумана видели в ниндзя причину постоянных войн и экономических кризисов. Особую ненависть люди испытывали к сильнейшим из них - обладающих модифицированной Линией Крови. Когда отец Хаку узнал о том, что его жена - одна из тех, кого он ненавидит, он убил ее, а потом попытался убить и сына. Неизвестно, живы ли сейчас другие ниндзя, обладающие той же Линией Крови.Позваляет владеть техникой Хаку

Клан Инузука примечателен тем, что в нем большинство ниндзя заключают договор с собаками. Практически не расставаясь со своими питомцами, они вместе тренируются и сражаются. В бою ниндзя из клана Инузука подражают животным, используя технику Juujin Bunshin.Позваляет владеть животным(Волком или сабакой)

Клан Kaguya известен за свою любовь к сражениям. Когда Кимимаро был совсем маленьким, лидер клана решил атаковать Деревню Тумана. Все ниндзя кроме Кимимаро погибли в этом самоубийственном сражении. Известно, что Кимимаро был последним из клана Kaguya. Его линия крови позволяет извлекать кости из тела, создавая оружие не уступающее стальному. При этом организм воссоздает элементы скелета практически мгновенно.Позваляет владеть техникой Кимимару

Клан Нара специализируется на управлении тенями. Используя эту способность, Шикамару может соединить свою тень с тенью противника и получить контроль над его движениями. То есть попавший под действие техники человек будет повторять действия Шикамару. У клана существует также ряд более продвинутых техник - Пронзающая Тень и Удушение Тени.Позваляет владеть техникой теней.

Kedouin - небольшой клан, известный за способность его членов принимать облик других людей. Говорят, что копия настолько похожа на оригинал, что даже близкие люди не могут определить, кто перед ними - оригинал или ниндзя из клана Kedouin. Однако, они не могут скопировать уникальные техники ниндзя.Позваляет владеть техникой смены оличия.

Клан Акимичи известен в Конохе за свою способность управлять размерами тела. В аниме мы видим, что чем опытнее ниндзя, тем сильнее он способен увеличивать свое тело. Еще одна примечательная техника клана - Человек-Танк при которой ниндзя превращается в огромную, вращающуюся сферу. В этой форме Чодзи не только размазывает противников по полу, но и получает неплохую защиту от физических атак.Позволяет бес потери чакры использовать технику размера тела.

Этот клан Конохи известен своим договором с насекомыми. После рождения члены клана заключают союз с жуками, позволяя насекомым жить в своем теле и питаться чакрой носителя. Взамен те преданно выполняют команды повелителя.
Позволяет упровлять жукаи.